Misja 1: Lone Guardian
Cel 1: Zniszcz flotę Dreadnought
Cel 2: Dojdź do Fortu Bradley
Cel 3: Zniszcz bazę zaopatrzeniową Sowietów
Cel 4: Tania nie może zginąć
Misja 2: Eagle Dawn
Cel 1: Przejmij Akademią Lotniczą
Cel 2: Zniszcz wszystkie siły Sowietów
Cel 3: Tania nie może zginąć
Misja 3: Hail to the Chief
Cel 1: Zniszcz Psychic Beacon
Misja 4: Last Chance
Cel 1: Wyląduj na plaży i wybuduj bazę
Cel 2: Zniszcz „Psychic Amplifier” nim zostanie uruchomiony.
Misja 5: Dark Night
Cel 1: Przeniknij do Laboratorium Sowietów
Cel 2: Zneutralizuj dwa sowieckie silosy nuklearne
Cel 3: Tania nie może zginąć
Misja 6: Liberty
Cel 1: Wesprzyj i przejmij dowództwo nad siłami Aliantów broniących Pentagon
Cel 2: Zniszcz siły sowieckie w Waszyngtonie
Misja 7: Deep Sea
Cel 1: Zniszcz wszystkie siły Sowietów
Misja 8: Free Gateway
Cel 1: Zniszcz Psychic Beacon
Cel 2: Wyeliminuj wszystkie siły Sowietów w St. Louis
Cel 3: Tania nie może zginąć
Misja 9: Sun Temple
Cel 1: Przejmij lub powstrzymaj jakąkolwiek sowiecką próbę duplikacji technologii PRISM
Cel 2: Zniszcz siły sowietów broniące centrum technologicznego
Misja 10: Mirage
Cel 1: Zabezpiecz laboratorium profesora Alberta Einsteina
Cel 2: Zniszcz wszystkie siły sowieckie
Misja 11: Fallout
Cel 1: Wybuduj chromosferę
Cel 2: Zneutralizuj sowieckie zagrożenie nuklearne na Kubie
Misja 12: Chrono Storm
Cel 1: Oczyść i przygotuj teren dla chrono posiłków
Cel 2: Wyeliminuj elitarną „Czarną Gwardię Romanowa”