Akcja Command & Conquer: Generals toczy się 20 lat naprzód. W konflikt zamieszane są Chiny, USA, oraz terrorystyczna organizacja znana jako Global Liberation Army [GLA], mająca swoje korzenie w Azji środkowej.
Chiny: Nowy rząd Chiński z dużym skutkiem umacnia swoją pozycję na świecie. Jednak na drodze do przeobrażenia Chin w supermocarstwo stoi terrorystyczna organizacja, której komórki rozsiane są po całych Chinach oraz innych krajach. Za każdym razem gdy Chiny rozbiją jedną komórkę, GLA formuje dwie następne. Najgorsze jest jednak to, że GLA jakimś sposobem uzyskało dostęp do militarii Chin, przez co walka z nimi przypomina nieco walkę z wiatrakami. Nie wiadomo kto finansuje tą organizacje, ale pewnym jest, że jeśli Chiny chcą należeć do najpotężniejszych państw świata – muszą wyprzeć GLA ze swojego kraju.
Global Liberation Army: GLA zdecydowanie nie podoba się to, że została wyparta poza granice swego kraju. Ich głównym celem jest zemsta. Nadal posiadają wiele komórek na całym świecie i będą je aktywować w razie potrzeby. W planie mają użycie rakiet balistycznych z głowicami biochemicznymi, które testują na terenach kilku państw, w tym Chin. Takie działanie szybko skupia na sobie uwagę świata, który natychmiastowo oskarża GLA. W odpowiedzi GLA odpala 2 ze swoich rakiet biochemicznych na Europę oraz USA.
Stany Zjednoczone Ameryki: USA dołączyło do konfliktu, od kiedy GLA odpaliło w ich kierunku pocisk balistyczny. Dzięki nowoczesnym systemom antyrakietowym, USA udaje się odeprzeć atak, lecz toksyczne odpady zatruwają większą część świata. USA zmuszone jest do rozprawienia się z GLA, które było lekceważone, aż do tej pory.